La piel está cubierta con escamas no solapadas entre sí compuestas de queratina, que se mudan individualmente. En la cabeza, la piel está fusionada a los huesos del cráneo. Hay pequeñas placas de hueso, llamadas osteodermos, bajo las escamas. Como en un árbol, el osteodermos del cocodrilo desarrolla anillos de crecimiento anual por lo que es posible conocer su edad contando estos anillos. Los osteodermos se encuentran especialmente en la parte trasera y, en algunas especies, también en el vientre. Las filas solapadas de osteodermos cubren el cuerpo del cocodrilo desde la cabeza hasta la cola, formando una fuerte armadura protectora. Bajo las escama y los osteodermos existe otra capa en su armadura, fuerte y flexible, de hileras de tejas óseas superpuestas llamadas osteoscudos, que están incrustadas en el tejido conectivo trasero del animal. Las escamas ricas en sangre de su parte trasera actúan como paneles solares.
Todos los cocodrilos poseen dentición tecodonte. A diferencia de los mamíferos, las piezas dentales son reemplazadas durante toda su vida. Los cocodrilos juveniles renuevan sus dientes por otros de mayor tamaño a una velocidad de hasta una pieza nueva por alvéolo cada mes. Se han encontrado miembros muy viejos de algunas especies en estado «endentado» (sin dientes) luego de que sus dientes se rompieran y cesara su reemplazo.
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